מחלקת ההובלות והלוגיסטיקה אחראית על הובלת תוצרת חקלאית של ישובי חבל אילות לשווקים, לרשתות השיווק ולנמלים.
המחלקה עובדת בשת”פ עם שיווק ערדום, אגודת המים ערדום, בית האריזה, ערדום מרכז הקמה,שרותי תקשוב ערדום ומו”פ ערבה דרומית.

המחלקה מספקת שירותי אדמיניסטרציה עבור כל צי הרכבים המסופקים לעובדי ערדום אחזקות ומחלקותיה.